DNA Zichtbaar Maken: Extractie uit Aardbeien

Wat heb je nodig?

• Verse of diepvries aardbeien (aardbeien zijn octoploïd = 8 sets DNA, extra veel opbrengst!)
• Afsluitbare ziplockzakjes
• Vloeibaar afwasmiddel
• Keukenzout
• Koffiefilters
• IJskoude alcohol (minimaal 70%, bewaard in de vriezer)
• Transparante plastic bekers
• Houten satéprikkers
• Vleesmalser (meat tenderizer) als enzymbron; als alternatief kan een druppel ananassap of contactlenzen-reinigingsvloeistof
• Maatbeker / maatlepel
• Koelkast/vriezer voor de alcohol
• Blender (in het officiële protocol gebruikt om de celwanden fijn te malen; met zachte vruchten zoals aardbeien kan handmatig kneden in een zakje ook)

Wat leer je?

• Begrijpen wat DNA is en hoe het beschermd wordt binnenin celwanden en celkernen
• De chemische functie van afwasmiddel (vet oplossen in membranen) en alcohol (DNA onoplosbaar maken) ontdekken
• Nauwkeurig werken volgens wetenschappelijk laboratoriumprotocol
• De rol van enzymen (proteasen zoals bromelaïne/papaïne, bijvoorbeeld uit vleesmalser of ananassap) bij het opschonen van DNA van omringende eiwitten begrijpen

Stappenplan

Wist je dat je het erfelijk materiaal (DNA) van een vrucht met het blote oog kunt zien? Het Genetic Science Learning Center (Learn.Genetics, University of Utah) legt in zijn officiële extractieprotocol uit hoe je celwanden afbreekt met zeep en zout, eiwitten rond het DNA opruimt met een enzym, en het DNA tenslotte laat neerslaan in ijskoude alcohol.

1. 1

   Stap 1

   DE CELLEN VERPLETTEREN

   • •Doe een rijpe aardbei in een afsluitbaar plastic zakje.
   • •Druk de lucht eruit en kneed de aardbei enkele minuten tot een gladde puree (met harde groenten/zaden, zoals bij het origineel met doperwten, gebruikt men hiervoor een blender).
2. 2

   Stap 2

   DE EXTRACTIEVLOEISTOF TOEVOEGEN

   • •Meng water met een scheutje vloeibaar afwasmiddel en een snufje keukenzout.
   • •Voeg een beetje van dit mengsel toe aan het aardbeizakje en meng voorzichtig, zonder schuim te maken. Laat het 5 tot 10 minuten rusten, zodat het afwasmiddel de celmembranen kan openbreken.
3. 3

   Stap 3

   FILTEREN

   • •Giet het mengsel door een koffiefilter in een glas of beker.
   • •Laat het vloeibare filtraat rustig doorlopen.
4. 4

   Stap 4

   EEN ENZYM TOEVOEGEN

   • •Voeg een klein snufje vleesmalser (of, als alternatief, een druppel ananassap of contactlenzen-reinigingsvloeistof) toe aan het filtraat en roer héél voorzichtig.
   • •Dit enzym knipt de eiwitten rond het DNA los, zodat het DNA zuiverder loskomt. Roer je te hard, dan breekt het DNA juist in kleine, minder zichtbare stukjes.
5. 5

   Stap 5

   DE ALCOHOL-LAAG AANBRENGEN

   • •Giet voorzichtig ijskoude alcohol (70-95% isopropyl- of ethanol) langs de rand van het glas, zodat deze als een aparte laag boven het filtraat blijft drijven.
6. 6

   Stap 6

   HET DNA OPVISSEN

   • •Kijk naar het grensvlak tussen de twee vloeistoffen: er verschijnen witte, draderige slierten.
   • •Draai met een houten prikker door de witte wolk en til het DNA voorzichtig omhoog.

Bijlagen (1)

• DNA Extraction Protocol (PDF, Learn.Genetics/Utah GSLC)https://firebasestorage.googleapis.com/v0/b/onderwijs-app.firebasestorage.app/o/maak%2Fopdrachten%2Fdna-extractie-uit-aardbeien%2Fattachments%2Fdna-extraction-protocol-pdf-learn-genetics-utah-gslc-0.pdf?alt=media — oorspronkelijke bron: learn-genetics.b-cdn.net